共分為一、二期館舍共兩區塊的建築物。一期館舍主要為展示與典藏。館建築具有日式簡潔特色，並融入當地原住民風格，使得建築自然融入土地毫不突兀。配合台東氣候特質，打造生態建築。整體構造使得美術館及周圍環境融為一體。二期館舍包含文創教室、藝術主題餐廳、駐村藝術家休憩室等空間。建築設計較為新穎，呈現現代幾何風格，強調鋼鐵與玻璃元素，讓台東的藍天綠地自然映照在金屬和玻璃，產生現代性的互動。