設有通關作業、查緝走私、海務燈塔、海關文物、國際關務等展示區，展示民眾及貨物、行李出入關的作業流程，及在各階段配合政策所查緝的非法物品，燈塔等助航設備和查緝走私的艦艇及配備。館藏文物約有15項：乙炔閃光機；由深海魚骨製成高約3公尺的佛塔；保險櫃；玳瑁；英國製造的銅製磁羅經；鼻煙壺等，種類豐富。