教育館一樓配合國立自然科學博物館，提供多樣性巡迴展展品，並辦理各項研習及相關活動。二樓展示館藏貝殼標本，以都被視為活化石的阿當嵩翁戎螺和龍宮翁戎螺最為珍貴，共分七大區，包括認識貝殼、腹足綱、雙殼綱、掘足綱、多板綱、頭足綱及教育活動區等。三樓礦物及化石展示室，陳列花蓮和台東地區礦石化石200餘件，包括產自海岸山脈的軟玉、台灣藍寶石和總統石等寶石，以原石和雕琢品對照方式來了解在工藝上的應用及價值。