共由三棟大樓組成，文物大樓位於本館園區正中位置，外觀採歐洲文藝復興式建築，一樓為館史室、福爾摩沙特展室；二樓為鯤島風華特展室；三樓為蓬萊鄉情特展室。常設展出先民食、衣、住、行、育、樂、宗教信仰、風土民情等民俗文物。右側建築為文獻大樓，左側為史蹟大樓，外觀採中國北方宮殿式建築，一樓為臺灣地形圖模型展示區及史前考古遺址、平埔族、原住民族展示室；二樓為荷西、明鄭時期展示室、清領臺時期展示室及特展室；三樓為日本及光復後時期展示室、臺灣歷史重要人物事件展示室及國定古蹟模型展示區。依時間的演進順序，有系統的展示臺灣史前時期生活遺跡及各時期開發臺灣過程及風貌。