由於淡水在台灣具有一定的歷史地位，因此成立一座以地方古蹟資料保存及維護為特色的博物館，主要維護標的是淡水當地23座歷史建築物，使其具有學術研究、典藏及教育價值；館區涵蓋紅毛城園區、前清淡水關稅務司官邸、滬尾礮臺園區、淡水海關碼頭、淡水藝術工坊、得忌利士洋行、滬水一方藝文空間、公司田溪程氏古厝等古蹟及藝文展演空間。