主祀三府千歲。相傳在台南喜樹與灣裡一帶，某一個風平浪靜的夜裡，忽由海上傳來鐘鼓、管樂之音，海面光芒萬丈，兩地村民見了甚感驚奇，發現一艘王船正自海上漂來。船上奉有葉、朱、李等三府千歲，於是決定加以建廟奉祀。灣裡萬年殿王醮大典，每12年舉行1次，並恭請王船出巡遶境，因僅作遶境儀式，而不燒王船，成為台灣王醮祭典中的唯一特例。