臺灣未開發前，為蠻荒瘴癘高溫多熱之地，容易引發瘟疫。當時醫療不發達，因此居民以祭拜瘟神的方式，將瘟神(王船)藉由出海儀式，永遠不回。現今則以焚船的方式進行。相傳清康熙18年(西元1679年)3月的夜裡，曾文溪上傳來絕妙優美的弦音，蘇厝村居民發現溪中漂來一艘大船，上面插著12支令旗，上書”玉敕代天巡守”。居民認為該船必為地方帶來繁榮，因此建草廟奉祀。直到同治6年(1867年)建”長興宮”，供奉瘟王祀神代天巡狩，位於村北。民國55年分靈出”真護宮”， 主祀五府千歲，位於村南。王船祭日期在農曆3月2日，每3年1科，每逢牛、龍、羊、狗年舉行。祭典當天，村民聚集於當年王船停泊的曾文溪畔進行「迎王」儀式，全程以古禮參拜，先將王爺迎回長興宮，並進行一連7天的王醮儀式以驅逐瘟疫，稱作瘟王醮。除王爺繞境出巡外，另有超薦鬼魂之祭祀，2公里長的祭壇，沿著曾文溪一路排開，場面極為壯觀。最後壓軸的王船祭，是以遊天河的方式火燒王船，恭送王爺重返天界，完成整個祭典儀式。在台南市10多座有燒王船習俗的廟宇中，只有蘇厝村同一個村莊同時有長興宮與真護宮兩座定期燒王船。