相傳南鯤鯓代天府的五府千歲，最早被築寮奉祀於麻豆後牛稠，據說廟佔靈穴，清廷擔心出”真命天子"，乃設法破壞靈穴。為此五王移駕南鯤鯓廟，而麻豆住民於每年農曆3月底，組團前往南鯤鯓廟迎請五府千歲前來麻豆遶境保平安，直至4月25日才恭送五府千歲返回南鯤鯓廟。1956年農曆3月，五府千歲循例到麻豆遶境，重新開啟靈穴，之後興建麻豆代天府奉祀五府千歲，至此，麻豆每年農曆3月底舉行兩天的刈香活動，遶境範圍包含麻豆、下營、官田。數年後改為3年一科，每科3天，只繞境麻豆。麻豆代天府轄域各廟及域外分靈廟共襄盛舉，香陣規模龐大壯觀，許多自組性陣頭，以蜈蚣陣和12婆姐陣最具特色，堪稱南台大型廟會。