代天巡狩王令旗與香爐於明朝鄭成功時期，隨先人一同渡海來台。起初為民宅輪流奉祀，民國60年柳營代天院落成，成為柳營、新營、鹽水等地的信仰中心，奉祀至今已有三百多年歷史。每三年舉辦一次王船醮，主要設壇祈願息災植福。有別沿海一帶的王船醮，在內陸燒王船不必拖行至海邊，也是柳營代天院王船醮的特色之一。