楠梓仙溪發源於嘉義縣阿里山東麓，早期由當地的鄒族和布農族自發性發起生態保育的河川，主要保育對象是瀕臨絕種的台灣特有種「高身鏟頜魚」，與櫻花鉤吻鮭並列台灣一級瀕臨絕種的淡水保育魚類，此保護區是台灣唯一以魚類為主的野生動物保護區。楠梓仙溪主流終年有水，在河川的中上游帶兩旁森林茂密，自然原始的生態景觀保持完整，水質清澈無污染，因此孕育了相當豐富的生態資源。