建築量體採與當地獨特之地理特質單面山形式設計，其幾何造型，屋頂與地面夾角20度，尖端牆面與地面成70度，整棟建築以實體與玻璃量體交錯構成，分開實體的玻璃部分，巧妙地具有引入採光與區隔空間的功能。由土地中成長茁壯，並和地景融合。在基地環境部分，為顧及烏石礁遺址溼地生態的完整，本著「與環境共生」、「與自然融合」的核心精神，博物館的主體建築物集中配置於基地西北側之區域，保留最大面積的溼地生態公園，維持既有生態，創造環境共生，成為與大地共生的自然有機建築。