為一座集合了博物館、考古遺址和自然生態公園的博物館，東半部為建築本體，西半部為附屬景觀公園。館內有五大展示廳、十五個展覽室共計三十個展示單元，另設有三個特展室，分別陳列台灣各地史前遺址考古文物、南島語系各原住民早年生活器物及在台灣各地發現的古生物化石標本等。景觀公園則設置了兒童遊戲區、以花崗石牆及不定時出現的水牆構成的迷宮、水舞區等。