始建於明末清初，建築仍保存道光11年（1831）重修時的風格，深具中國泉州建築藝術之精華，前殿因開有五扇門，故稱「五門殿」。兩旁圍牆稱為「八字牆」，此作法在清代台灣寺廟建築中偶而可見。戲台屋簷採「斷簷升箭口」作法，使明間處形成一個挑高的空間。藻井是台灣保存年代最早且最大的作品，共16層。拜殿上方橫樑有一根長達14公尺的福州杉，為龍山寺木材之最，為咸豐年間重修時，以船隻由福建將其載運來台。寺內最古老的匾額為道光10年（1830）由嘉義知縣張縉雲所敬獻的「法雨如來」匾。修復時正殿屋頂發現44塊印有「泉城阮協興號」的屋瓦。泉城即指泉州城，阮協興號為清代泉州城西門外的磚廠，研判應道光、咸豐年間重修時的材料。