西門國小創立於大正二年（西元一九一三年，民國二年四月)，當時稱為安平尋常小學校，安平鄉土文化館現址則為日治時代之校長宿舍。之後因為「安平港國家歷史風貌園區」計畫開展，因此將本宿舍列入傳統民居修復名單，並訂名為「西門國小鄉土文化館」，作為校史文物陳列暨鄉土文化教學之所；文化館之設立，讓民眾透過鄉土教學，深刻體會安平的鄉土文化。