陳列甲仙出土化石為主，距今約520萬年。當時甲仙位於桂竹林內海中，後因台灣造山運動而隆起，因此有大量貝類化石出土。全館館藏6000餘件，有新品種的「甲仙翁戎螺」、古代海膽及魚類化石，已成為指標性地方專業博物館，深具學術及觀光價值