成立於1908年，是現存臺灣歷史最悠久的博物館。開館時的陳列品主要分為地質鑛物、植物、動物、人類器用、歷史及教育資料、農業材料、林業資料、水產物、鑛業資料、工藝品、貿易類等，加上其他共十二類。大致分三個範疇：自然史、工藝產業和歷史文物。標本數量總數12,723件，屬於自然史的標本佔了全部的四分之三，產業標本則佔四分之一。實可視為科學大博物館之進階，場地雖不免狹小，但能蒐集各種材料，備極陳列之巧