以保存、傳播船舶歷史、藝術與科學為宗旨，共5層樓，2樓為航海探索區展示所蒐藏的各式航儀、船舶的基本配置與船員航行的相關知識。3樓分別為海洋台灣區，以世界史的角度，詮釋數百年來台灣及其居民與海洋的關係，及海洋畫作區。4樓為現代輪船區，有遠洋客輪、現代貨船、現代軍艦等。特展區部分有獨立恆溫恆溼系統，不定時換展。5樓是世界船舶區，有原始船、西洋帆船、機械動力船時代、中國/台灣船舶等。