由於位居工業區旁，受到家庭污水和工業廢水的污染。高雄市政府在2004年初進行高難度的生態工程技術，將水源依污染程度做分流、分層淨化，讓原有的生態系統予以保留和活化。並在河岸設置卵石灘區、自然石磊區及草澤區等，進行污染源的過濾、沉降、吸附來淨化鹽水港溪水流，利用木頭排樁進行集水與導水，以增加河川濕地面積與曝氣效果，提升河川自淨能力，進而改善河川水質與生態環境。