南仁山生態保護區四周群山環繞，是一個天然及半人工的淡水湖，加上受到國家公園的妥善保護，人為干擾極少，所以此地的自然生態相當豐富，也是學者眼中所謂的「生物多樣性熱點」。秋冬季是候鳥重要的棲息地，尤其是有「國慶鳥」之稱的灰面鷲，更是此地特殊的生物景觀；此處植物物種多達一千二百種以上，湖邊有大量水生植物，是臺灣唯一的低海拔原始林；動物方面種類繁多，擁有完整動物相和珍貴植物，深具有學術研究的價值。