鹿耳門是昔日台江內海軍事、經貿重要港口，更是鄭成功登陸台灣、打敗荷蘭人的關鍵，因此有『府城天險』的美名。鹿耳門天后宮原由鄭成功建在登陸地，1977年改建，採『殿堂式』回字型格局配置，由三川殿、後殿及左右廂房將正殿圍繞於中央，正殿立於抬高九階的台基之上，後殿也採抬高處理，以凸顯整體建築的莊嚴性。旁殿兩側間之後為左右廂房，格局採長條形二層樓的現代仿古蕪房。廟埕正面牌坊作三間處理，建物屋脊沿襲閩南屋頂形式，各殿均為歇山重簷，西施脊飾燕尾，黃色琉璃筒板瓦為主要色彩及材料。